В сентябре климат в Зырянске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Зырянске 14 дождливых, 8 ясных, 7 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и ноябре Зырянск cчитается местом, некомфортным для посещения.