В сентябре климат в Жанакоргане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Жанакоргане 27 ясных, 2 с переменной облачностью и дождливый день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в октябре Жанакорган cчитается местом, комфортным для посещения.