В июне климат в Зеленокумске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 26 градусов тепла. В среднем в июне в Зеленокумске 14 дождливых, 13 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.