Сентябрь в Заполярном — самый пасмурный месяц в году. В сентябре климат в Заполярном можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Заполярном 11 пасмурных, 10 дождливых, 7 с переменной облачностью и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и ноябре Заполярный cчитается местом, некомфортным для посещения.