В июне климат в Йонагуни можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 28 градусов тепла. В среднем в июне в Йонагуни 22 дождливых, 3 ясных, 3 пасмурных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и мае Йонагуни cчитается местом, некомфортным для посещения.