В сентябре климат в Водозерье можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Водозерье 16 дождливых, 10 пасмурных, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Водозерье cчитается местом, некомфортным для посещения.