В сентябре климат в Водопойке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Водопойке 9 дождливых, 9 пасмурных, 7 с переменной облачностью и 5 ясных дней. Дожди преимущественно слабые.