В сентябре климат в Вилюйске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Вилюйске 17 пасмурных, 7 дождливых, 5 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые.