В сентябре климат в Вильнюсе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Вильнюсе 9 пасмурных, 8 дождливых, 7 ясных и 6 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.