В сентябре климат в Верхнем Магарине можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхнем Магарине 12 дождливых, 10 пасмурных, 5 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.