В сентябре климат в Усть-Нере можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 3 градуса тепла. В среднем в сентябре в Усть-Нере 10 дней с переменной облачностью, 7 ясных, 6 пасмурных, 5 дождливых и 2 дня со снегом. Дожди преимущественно слабые.