В мае климат в Томбукту можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в мае 41 градус тепла. В среднем в мае в Томбукту 22 ясных и 9 дней с переменной облачностью. В мае, а также в апреле, июне, июле и августе Томбукту cчитается местом, некомфортным для посещения.