В сентябре климат в Шиллонге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Шиллонге 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Шиллонг cчитается местом, некомфортным для посещения.