В сентябре климат в Шестаково можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Шестаково 15 дождливых, 6 ясных, 6 пасмурных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Шестаково cчитается местом, некомфортным для посещения.