В сентябре климат в Сан Томе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 32 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сан Томе 20 дождливых, 4 ясных, 3 пасмурных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Сан Томе cчитается местом, некомфортным для посещения.