В мае климат в Сан Томе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в мае 30 градусов тепла. В среднем в мае в Сан Томе 23 дождливых, 5 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В мае, а также в июне, июле, августе и сентябре Сан Томе cчитается местом, некомфортным для посещения.