В сентябре климат в Сан-Хуане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуане 30 ясных дней. В сентябре, а также в марте, апреле и октябре Сан-Хуан cчитается местом, комфортным для посещения.