В сентябре климат в Сан-Хуан-дель-Рио можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 24 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуан-дель-Рио 15 дождливых, 6 с переменной облачностью, 5 пасмурных и 4 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне, июле и августе Сан-Хуан-дель-Рио cчитается местом, некомфортным для посещения.