В июне климат в Сан-Хуан-дель-Рио можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 27 градусов тепла. В среднем в июне в Сан-Хуан-дель-Рио 13 дождливых, 9 ясных, 7 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в июле, августе и сентябре Сан-Хуан-дель-Рио cчитается местом, некомфортным для посещения.