Сентябрь в Сан-Хуан-Баутисте — самый ветреный месяц в году. В сентябре климат в Сан-Хуан-Баутисте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 26 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуан-Баутисте 12 ясных, 9 дождливых, 6 с переменной облачностью и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные.