В июне климат в Сан-Франсиско-де-Кампече можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 30 градусов тепла. В среднем в июне в Сан-Франсиско-де-Кампече 15 дождливых, 7 ясных, 4 пасмурных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в июле, августе и сентябре Сан-Франсиско-де-Кампече cчитается местом, некомфортным для посещения.