В апреле климат в Пущино можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в апреле 10 градусов тепла. В среднем в апреле в Пущино 12 дождливых, 10 пасмурных, 5 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В апреле, а также в марте, октябре и ноябре Пущино cчитается местом, некомфортным для посещения.