Сентябрь в Пуэрто-Наталес — самый солнечный месяц в году. В сентябре климат в Пуэрто-Наталес можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто-Наталес 11 дождливых, 7 пасмурных, 7 с переменной облачностью и 5 ясных дней. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Пуэрто-Наталес cчитается местом, некомфортным для посещения.