В апреле климат в Пуэрто-Мальдонадо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в апреле 30 градусов тепла. В среднем в апреле в Пуэрто-Мальдонадо 20 дождливых, 5 с переменной облачностью, 3 ясных и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В апреле, а также в январе, феврале, марте и октябре Пуэрто-Мальдонадо cчитается местом, некомфортным для посещения.