В сентябре климат в Пуэрто Айора можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто Айора 24 пасмурных, 3 ясных и 3 дня с переменной облачностью. В сентябре, а также в январе, мае, июне и июле Пуэрто Айора cчитается местом, комфортным для посещения.