В сентябре климат в Пудожгорском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пудожгорском 15 дождливых, 8 с переменной облачностью, 4 ясных и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в октябре Пудожгорский cчитается местом, некомфортным для посещения.