В сентябре климат в Пристани-Второй можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пристани-Второй 14 дождливых, 6 пасмурных, 5 ясных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Пристань-Вторая cчитается местом, некомфортным для посещения.