В июне климат в Попаяне можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 22 градуса тепла. В среднем в июне в Попаяне 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Попаян cчитается местом, некомфортным для посещения.