В июне климат в Пограничном можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Пограничном 11 дней с переменной облачностью, 8 дождливых, 7 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные. В июне, а также в марте Пограничный cчитается местом, комфортным для посещения.