В сентябре климат в Плесецке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Плесецке 13 дождливых, 9 с переменной облачностью, 7 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, мае и октябре Плесецк cчитается местом, некомфортным для посещения.