В мае климат в Пертозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в мае 11 градусов тепла. В среднем в мае в Пертозере 13 дождливых, 7 с переменной облачностью, 6 ясных и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно умеренные. В мае, а также в январе, апреле, августе и сентябре Пертозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.