В июне климат в Пенджикенте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 24 градуса тепла. В среднем в июне в Пенджикенте 30 ясных дней. В июне, а также в июле, августе и сентябре Пенджикент cчитается местом, комфортным для посещения.