В сентябре климат в Пахтаабаде можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 30 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пахтаабаде 25 ясных, 3 дождливых и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в октябре Пахтаабад cчитается местом, комфортным для посещения.