В июне климат в Нижнем Саянтуе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 21 градус тепла. В среднем в июне в Нижнем Саянтуе 15 дней с переменной облачностью, 11 ясных, 3 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в июле Нижний Саянтуй cчитается местом, комфортным для посещения.