Июнь в Никко — самый пасмурный месяц в году. В июне климат в Никко можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 20 градусов тепла. В среднем в июне в Никко 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Никко cчитается местом, некомфортным для посещения.