В сентябре климат в Мугур-Аксы можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 5 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мугур-Аксы 15 дождливых, 7 ясных, 7 с переменной облачностью и 1 день со снегом. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Мугур-Аксы cчитается местом, некомфортным для посещения.