Июнь в Мацумото — самый пасмурный месяц в году. В июне климат в Мацумото можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 20 градусов тепла. В среднем в июне в Мацумото 24 дождливых, 3 пасмурных, 2 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в феврале, марте, июле и августе Мацумото cчитается местом, некомфортным для посещения.