В сентябре климат в Манисалесе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 18 градусов тепла. В среднем в сентябре в Манисалесе 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Манисалес cчитается местом, некомфортным для посещения.