В июне климат в Манакара можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 24 градуса тепла. В среднем в июне в Манакара 18 дождливых, 9 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.