Июнь в Манагуа — самый дождливый и пасмурный месяц в году. В июне климат в Манагуа можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Манагуа 29 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в мае, июле, августе и сентябре Манагуа cчитается местом, некомфортным для посещения.