В сентябре климат в Манаду можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Манаду 22 дождливых, 5 пасмурных, 2 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Манаду cчитается местом, некомфортным для посещения.