В июне климат в Малом Зеленчуке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 22 градуса тепла. В среднем в июне в Малом Зеленчуке 16 дождливых и 14 ясных дней. Дожди преимущественно сильные.