В сентябре климат в Малом Атлыме можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Малом Атлыме 15 пасмурных, 14 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Малый Атлым cчитается местом, некомфортным для посещения.