Сентябрь в Малошуйке — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Малошуйке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Малошуйке 15 дождливых, 9 с переменной облачностью, 4 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, мае и октябре Малошуйка cчитается местом, некомфортным для посещения.