В сентябре климат в Магинске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Магинске 22 дождливых, 5 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Магинск cчитается местом, некомфортным для посещения.