Сентябрь в Магадане — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Магадане можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Магадане 14 дождливых, 7 ясных, 7 пасмурных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Магадан cчитается местом, некомфортным для посещения.