Сентябрь в Куганакбаше — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Куганакбаше можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Куганакбаше 15 дождливых, 6 ясных, 6 пасмурных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Куганакбаш cчитается местом, некомфортным для посещения.