В сентябре климат в Ковдозеро можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Ковдозеро 12 дождливых, 9 пасмурных, 7 с переменной облачностью и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Ковдозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.