В июне климат в Ковдозеро можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 13 градусов тепла. В среднем в июне в Ковдозеро 13 дождливых, 9 пасмурных, 4 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В июне, а также в январе, апреле, мае и июле Ковдозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.