В сентябре климат в Холмогорах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Холмогорах 15 пасмурных, 11 дождливых, 2 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.